La
innovadora estrategia de ensamblaje contribuye a la comprensión de la
evolución y la genética de la conservación de el Solenodón paradoxus en
peligro crítico de la República Dominicana
Los solenodontes son insectívoros que viven en las islas del Caribe, con pocos taxones relacionados sobrevivientes. El género ocupa una de las ramas más antiguas entre los mamíferos placentarios. La
historia, la biología única y las adaptaciones de estas enigmáticas
especies venenosas, pueden ser muy avanzadas dada la disponibilidad de
datos del genoma, pero el ensamblaje completo del genoma para
solenodontes nunca se ha realizado anteriormente, en parte debido a la
dificultad de obtener muestras del campo. El
aislamiento de la isla probablemente resultó en homocigosis extrema
dentro del solenodonte de la Hispaniola (Solenodon paradoxus), por lo
que probamos el desempeño de varias estrategias de ensamblaje para el
rendimiento con genomas de especies genéticamente empobrecidas. La
estrategia de ensamblaje basada en grafos de cuerda parece una mejor
opción en comparación con el enfoque gráfico convencional de Brujn,
debido a los altos niveles de homocigosidad, que a menudo es un sello
distintivo de especies endémicas o en peligro de extinción. Se
ensambló un genoma de referencia de consenso a partir de secuencias de
cinco individuos de la subespecie del sur (S. p. Woodi). Además, obtuvimos una secuencia adicional de la subespecie norte (S. p. Paradoxus). Los
ensamblados de genoma resultantes se compararon entre sí y se anotaron
para genes, con un énfasis específico en los genes venenosos,
repeticiones, loci de microsatélites variables y otras variantes
genómicas. Las
firmas de posicionamiento y selección filogenéticas se infirieron en
base a 4.416 copias únicas de ortólogos de otros 10 mamíferos. Los
patrones de variación de SNP nos permitieron inferir la demografía de
la población, que indicó una división de subespecies dentro de la
especie de al menos 300 Kya.
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